Phía Tây của Tokyo, nơi được gọi là thành phố học viện vì 80% trong tổng số 2,3 triệu dân ở đây là học sinh. Những học sinh ở đây phải trải qua chương trình học đặc biệt để phát triển sức mạnh tâm linh. Tùy theo năng lực, người ta nhóm các học sinh này thành 6 mức độ, từ mức 0 (không có năng lực) đến mức 5 (siêu năng lực)
Kamijou Touma là một học sinh tuy bị xếp mức 0 nhưng lại sở hữu "Imagine Breaker" có thể hóa giải được bất kì loại sức mạnh nào.
Ở phần 1, anh đã cứu Index khỏi các ma thuật gia, giúp Misaka Mikoto (pikachu cấp 5) đánh lại Accelerator - một siêu năng lực gia mạnh nhất trong số lv 5. Và sau cùng là đã ngăn chặn ma thuật của Angel Fall để cứu thế giới.
Sang phần 2 này, Touma sẽ bị cuốn vào cuộc chiến giữa học viện khoa học và học viện ma thuật. Chuyện gì sẽ xảy ra?